高宗死后，孝宗对政治日益冷感，最后决定让位于其子赵惇，也就是光宗。然光宗即位不久就患了精神疾病，且对孝宗十分不孝。绍熙五年（1194年）七月，孝宗去世。

　　光宗性好猜忌，非常不信任其父孝宗的周遭大臣，因此他即位两年后就日渐疯癫。绍熙五年七月，孝宗病死后，光宗不服丧。临安城内混乱不堪，局势不稳。宗室赵汝愚和赵彦逾便开始秘密策划立新君。最后，太皇太后下诏，光宗被奉为太上皇。1195年，他的儿子赵扩即位，是为宁宗，改元庆元。六年后，光宗去世。史载宁宗“不慧”，智商低下。宁宗一朝被韩侂胄和史弥远两名权臣操控。

　　宁宗初期，赵汝愚任宰相。赵汝愚本人政治操守良好。但由于皇室任职宰相本就不合礼法，加上韩侂胄煽风点火，最后他被罢去相位。但是，民间依然十分怀念他，临安城门上每天都有悼念的 诗文。韩侂胄为了彻底清除赵汝愚的影响与排斥异己，假借学术之名，制造庆元党禁。将理学称为“伪学”，而朝中信仰理学的大臣又多反对韩侂胄。韩侂胄借此将信仰理学的士大夫全部赶出朝廷。

　　庆元六年（1200年），韩侂胄见理学已构不成威胁，便解除党禁。但是，党禁不得人心，为了笼络士人，韩侂胄又借北伐的名义蛊惑人心。开禧二年（1206年），韩侂胄贸然进行开禧北伐，结果很快就遭到了失败，北伐的失败让韩侂胄成为众矢之的，他的政敌史弥远借此与主和派和韩的反对派集结成联盟。而金人又以杀韩侂胄作为和谈条件之一。开禧三年（1207年）十一月三日，史弥远等伪造密旨，将韩侂胄杀死。从此之后开始了史弥远专政时期。史弥远与杨皇后勾结，大权独揽。在1208年，签订《嘉定和议》。在两国改为伯侄关系，宋由贡献岁币及绢由二十万增至三十万，宋赔偿三百万军费，金放弃占领的大散关、濠州，献上韩侂胄首级。

　　1214年七月，宋宁宗接纳真德秀的奏议，决定从此不再向金贡纳“岁币”，而此时，金朝已遭受蒙古帝国的打击，被逼由燕京迁都至开封。为了扩大疆土以弥补被蒙古侵占的地域，金以宋不再纳岁币为名，出兵南侵，但是失败。

　　宁宗本有八子，但都夭折了。于是他立沂王的儿子赵竑为太子。赵竑对史弥远的专政非常不满。因此史弥远废赵竑太子之位，改立赵昀为皇位继承人。嘉定十七年（1224年）闰八月三日，宁宗去世。赵昀接替即位，是为理宗。但是，史弥远继续其的专政，而赵昀也奉行韬光养晦的策略。绍定六年（1233年）十月，史弥远去世。理宗终于摆脱了史弥远的阴影。次年，理宗改元端平，实施一系列改革措施，史称“端平更化”。理宗将史弥远旧党尽数罢斥，朝政一度得到了改观。

　　南宋在孝宗、宁宗朝时比较安定。但是，宁宗以后，奸佞当道，政治腐败，国势日衰。