在北境战争连绵的同时，明王朝又面临着东南沿海“倭寇”的侵扰，不得不展开了抗倭战争。

　　日本国南北朝的战乱，以南朝的失败而告终。十四世纪末，北朝的足利义满建立了室町幕府的统一政权。但到十五世纪后期，足利氏逐渐名存实亡，日本的封建藩侯又纷纷割据称雄，号称六十六国，互争雄长，史称“战国”时代。这些众多的日本诸侯国，都争着与明朝通商，但又受到明朝“朝贡”贸易的限制。被称为“倭寇”的日本海商与海盗，便分别在藩侯的支持下在中国沿海实行武装抢掠。明世宗嘉靖时，海防废坏，倭寇剽掠得志，无所忌殚，日益严重。一五二三年五月，日本左京兆大夫内艺兴遣僧宗设，右京兆大夫高贡遣僧瑞佐及宋素卿先后至宁波。宋素卿原是宁波人，后来投奔日本。他贿赂明市舶太监，得先查阅瑞佐货物，市舶司设宴时也使瑞佐上坐。宗设不平，袭杀瑞佐，还杀死明备倭都指挥刘锦、千户张镗等，大掠宁波沿海诸都邑。这次争贡事件，暴露了明朝海防的废弛、将佐的无能和吏治的腐败，使日本封建主、武士、商人更加轻视中国。市舶司是明朝政府专管海外贸易的机构，争贡事件起于掌管市舶的内官贪受贿赂。但明朝的一些官员却认为“倭患起于市舶”，于是罢市舶不设。罢市舶之后，日本船舶投托沿海的豪绅奸商，或称侵没商货，用抢掠来进行报复；或互相勾结，在沿海地区劫掠。

　　嘉靖时期倭患严重的主要原因，是中国的巨商和海盗与倭寇相勾结。沿海各地的“海商大贾”、“浙闽大姓”，为了谋取厚利，大规模地进行走私贸易，成群分党，分泊各港，明朝政府不能禁止。后来竟成为亦商亦盗，兼行劫掠。

　　一、朱纨治海的失败

　　一五四七年，明廷采巡按浙江御史陈九德议，调任巡抚赣南的右副都御史朱纨巡抚浙江，提督浙闽海防军务。这时，浙闽海防战船、哨船只存十分之一、二，漳泉巡检司弓兵旧额二千五百余人，只存一千人。闽盗李光头、浙盗许栋占据宁波的双屿，造大船运载违禁货物，与日本海商进行走私贸易。官府不能治。朱纨出兵先讨平覆鼎山海盗，次年春，进兵双屿。以都司卢镗领兵由海门进军，副使柯乔与都指挥黎秀分驻漳、泉，福、宁以遏制去路。四月，卢镗擒获许栋及日人稽天，在双屿筑塞而还。朱纨处死李光头等走私海商及海盗九十余人，震动一时。日本及佛郎机商船不得入境，与贵族官员有联系的闽浙海商因而失去商利，遂群起攻击朱纨。御史闽人周亮向吏部弹劾朱纨，将巡抚改为巡视，以削其权。朱纨上疏自辩，语多激愤，又请处死“勾连倭舟”的长屿海盗林参等。周亮遂弹劾朱纨“举措乖方，专杀启衅”，又劾柯乔、卢镗“党纨擅杀，宜置于理。”（《明史纪事本末》卷五五）世宗派官审理，朱纨免官回籍，柯乔、卢镗逮系福建按察司待决。朱纨愤而自杀。朱纨生前曾在一个奏疏中说：“去外国盗易，去中国盗难。去中国濒海之盗犹易，去中国衣冠之盗难”。（《明史·朱纨传》）他终于在中国“濒海之盗”与“衣冠之盗”的联合反攻中失败了。

　　朱纨败后，明廷罢设提督海防军务的巡抚御史或巡视大臣。朱纨招募捕盗的船只四十余艘也被遣散。海防更加空虚，海盗与倭寇的活动也更加猖獗了。

　　二、张经等领导的抗倭战争

　　一五五二年四月，倭寇侵扰台州，破黄岩，攻掠象山、定海诸地，为首者是中国的海盗汪直。徽州人汪直原是许栋的余党。许栋被擒斩，汪直率领部分余众逃遁，称霸海上，各小股海盗均受其节制。《殊域周咨录》卷二说汪直占据海中萨摩州之松浦津，自称徽王。三十六岛都听他指使。汪直建造可容二千人的大船，船上设备刀枪弓矢等武装，横行海上。日本的“倭寇”得汪直指引，深入浙东州县。州县不能抵御。

　　明廷面对倭寇的侵扰，不得不再设巡视大臣。以佥都御史王忬提督军务，巡视浙江及福、兴、漳、泉四府。王忬到任后，在浙、闽沿海地区逮捕沿海各地作为倭寇内线的猾民，倭寇因而不明虚实，不识路径，也得不到菽粟和火药，往往自行遁走。王忬又巡视诸未筑城墙的府、州、县，建城三十余处。

　　一五五四年三月，明廷调王忬为大同巡抚，任命南京兵部尚书张经，总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广诸军，便宜行事。同年秋，又改为右都御史，兼兵部右侍郎，专总督军务讨贼，解兵部事。张经是福建侯官人，曾总督两广军务，为当地少数民族所拥戴。他受此重任，慷慨自负，朝内外也欣庆得人，说倭寇不足平。

　　当时倭寇二万盘踞在华亭（松江）柘林川沙洼。张经选将练兵，筹划捣毁倭寇的巢穴。次年，陆续调集两广土司兵，分配给总兵官俞大猷、参将汤克宽和游击邹继芳等，待永顺、保靖苗兵到达后，展开决战。

　　四月间，明世宗采工部右侍郎赵文华议，命他去浙江祭告海神，以镇倭寇，兼督察沿海军务。赵文华来到东南，即催促张经出兵，张经自认是朝廷大臣，心轻文华，不予理会，仍按原计划行事。赵文华竟密疏诬告张经“靡饷殃民，畏贼失机，欲俟倭饱飏，剿余倭报功，宜亟治”。（《明史·张经传》）世宗得疏大怒，一五五五年五月，诏令逮治张经。

　　但就在这时，张经指挥军民取得了对倭作战的巨大胜利。

　　永顺、保靖苗民到后，倭寇自柘林侵犯嘉兴，张经派参将卢镗督士兵从水陆两路进攻，大败倭寇于石塘湾。倭寇北走平望，张经命总兵官俞大猷邀击。倭寇行至王江泾，永顺宣慰使彭翼南攻其前，保靖宣慰使彭荩臣蹑其后，斩首二千级。倭寇大败，溺水而死者无数，余寇奔窜柘林，纵火焚巢，驾舟二百余艘出海而逃。张经指挥作战，取得王江泾大捷，一时称为自有倭患以来的第一战功。

　　王江泾大捷后，赵文华上疏冒功，说是由于他和巡按胡宗宪的“督师”，才取得这次胜利。世宗认为张经“欺诞不忠，闻文华劾，方一战，”命将张经逮解进京。给事中李用敬等上言：“王师大捷，倭夺气，不宜易帅。”世宗说这是“奸党”，将李用敬杖打五十，削职为民。张经被解到京，详细陈述战斗经过，请求恕罪。世宗竟于同年十月，将张经斩首。

　　明世宗以赵文华督察军务，赐铸关防。赵文华素不知兵，见倭寇难防，于十二月间谎报水陆功成，请求还京，得世宗准许。张经死后，浙江巡按御史胡宗宪得赵文华荐引，巡抚浙江，又晋为总督，以兵部侍郎兼佥都御史。一五五六年五月，赵文华因严嵩的举荐，再次奉命视师。赵文华自从在国子监就学时即得到当时任祭酒的严嵩的赏识，与严嵩结为父子。他得以官至侍郎，是由严嵩的荐引，诬陷张经，也是由于有内阁首辅严嵩的支持。王江泾战后，倭寇又在沿海窜扰。世宗已命兵部侍郎沈良才，严嵩说，“良才不胜任，江南人引领望文华”。世宗改命赵文华以工部尚书兼右副都御史，总督浙闽直隶军务。赵文华到任，恃势欺压地方官员，搜括库藏，贪污勒索。军事则全付胡宗宪。胡宗宪于八月间诱杀海盗徐海，沿海屡获胜利。世宗说是赵文华之功，敕令赵文华回朝，十一月加封少保。次年九月，世宗得悉赵文华谎报冒功及在江南诸不法事，将他治罪，削籍为民。

　　三、俞大猷、戚继光领导的抗倭战争

　　一五五六年十二月，胡宗宪命总兵俞大猷率领调集的川、贵兵六千人驻舟山。俞大猷督兵四千人出击海上倭寇，斩首一百四十余级，获得重大胜利。浙海渐平。一五五七年冬，胡宗宪计诱海盗汪直来降，将他斩首，上疏报功。汪直余党遂据浙江岑港自守，并勾结倭寇扰掠。胡宗宪命总兵俞大猷、参将戚继光领兵进剿，久不能下。一五五八年七月，世宗诏夺俞大猷、戚继光官职，戴罪出战，限期一月荡平。俞大猷等冒死力战，海盗弃岑港，南下，劫掠闽广。御史李瑚弹劾胡宗宪纵贼。胡宗宪诿过于俞大猷。世宗命将俞大猷逮捕下狱。

　　戚继光自一五四四年袭父职任登州卫指挥佥事，次年升任署都指挥佥事，一五五五年秋，调任浙江都司佥书，司屯局事；次年被任为参将。夺职后，随俞大猷力战有功。俞大猷被逮，戚继光也被劾按问。这时倭寇焚掠台州。戚继光因有战功，受命复职，改守台州、金华、严州三郡。戚继光到浙江后，请求在义乌招募农民和矿夫，组织新军，获准。一五五九年秋，他亲自来到义乌，招募三千人，制定纪律，严格训练。他对士兵说：“你们本为立功名报效而集。兵是杀贼的，贼是杀百姓的。百姓岂不是要你们去杀贼！设使你们果真杀贼，守军法，不扰害他，如何不奉承你们！”凡砍伐人树株，作践人田产，烧毁人房屋，奸淫作盗，割取亡兵的死头，杀被掳的男子，污被掳的妇人，甚至妄杀平民，假充贼级，天理不容，王法不宥者，有犯，决以军法从事抵命。戚继光要求士兵绝对服从命令，说：“出口就是军令，就是说的差了，宁任差到底，决不改还”。他要求士兵学习用藤牌、狼筅、叉、钯、棍、刀等杀敌防身的真实本领，而不是花枪、花刀之类装门面的玩艺。他认为“花法不惟无益，且学熟误人。”（《纪效新书》卷首）戚继光还创造了被称为“鸳鸯阵”的战术，将盾牌、狼筅、长枪、叉、钯、棍、刀等长短武器联合使用，各尽所能，密切配合。经过两个月的训练，戚继光招募的这支军队就成为战斗力很强的部队，开赴抗倭战场，屡立战功，被称为“戚家军”。

　　一五六一年，倭寇大掠浙东桃渚、圻头。戚继光率部急趋宁海，扼桃渚，在龙山大败倭寇，追击至雁门岭。倭寇逃遁，乘虚袭击台州。戚继光回军与战，手歼其魁，驱赶余部至瓜陵江，全部歼灭。圻头的倭寇向台州进犯，戚继光在仙居截击，倭寇无人逃脱。戚继光先后九战皆捷，俘馘一千有余。此后，总兵官卢镗、参将牛天锡又在宁波、温州一带大败倭寇，浙东的倭患遂告平息。

　　一五六二年，福建成为倭患的中心。自温州而来的倭寇，与福宁、连江的倭寇联合，攻陷寿宁、政和、宁德；自广东南澳转来的倭寇，与福清、长乐的倭寇相会，攻陷玄钟所，延及龙岩、松溪、大田、古田、莆田。宁德附近海中有小岛名横屿，倭寇在岛中结营，明军不敢进攻。新来的倭寇结营于福清的牛田，为首者营于兴化东南，互为声援。福建明军连连告急。戚继光被调入闽。先攻横屿，士兵每人拿一束草，填濠而进，大破倭寇的巢穴，斩首二千六百级。乘胜至福清，打败牛田的倭寇，倭巢被捣，余寇逃向兴化。戚继光紧追不舍，夜四鼓抵倭栅，连克六十营，杀死倭寇一千多。第二天黎明，戚家军开入兴化城，兴化人才知形势大变，持酒劳军。戚继光援闽又获全胜，班师回浙。与戚继光同时被调援闽的还有广东总兵官刘显，也屡败倭寇。

　　戚继光还浙后，又有大批新倭来到福建，攻占兴化城，据平海卫（在莆田县东九十里）。福建倭患再起，明廷急调俞大猷往剿。俞大猷在一五五八年被逮入狱。锦衣卫左都督陆炳厚赂严嵩之子严世蕃，得以营救出狱，往大同戴罪立功，此后对蒙古作战有功，调任镇筸参将。一五六一年，又奉诏移兵赣南，参与镇压广东张琏起义，进为副总兵。一五六二年十一月，总督浙直江福兵部尚书胡宗宪被劾“欺横贪淫”，逮解京师治罪。俞大猷为镇守福建总兵官，以戚继光为副，领兵剿倭。一五六三年四月，戚继光至闽，与刘显、俞大猷分三路进攻平海，戚继光所率戚家军首先登上敌垒，刘、俞部相继突入，斩首二千二百。戚继光因功升都督同知，世荫千户。俞大猷徙镇南赣，戚继光任为总兵官。次年春，戚继光又败倭于仙游城下、同安王仓坪、漳浦蔡丕岭等地，斩获颇多，余倭掠渔舟出海去。福建倭患渐被平定。

　　福建倭寇平定后，广东东部还有倭寇二万多人为害人民。明廷任命吴桂芳提督两广兼理巡抚，又命俞大猷为广东总兵，进剿倭寇。一五六四年俞大猷等将领，先后击败倭寇于海丰等地，擒斩殆尽。广东倭患也渐解除。自朱纨以来，长达十七年之久的东南沿海的抗倭斗争，终于取得了最后的胜利。

　　四、抗击葡萄牙殖民者的侵略

　　世宗嘉靖时，倭寇而外，葡萄牙殖民者的势力也已来到中国东南沿海地区，勾结中国海盗，不断侵扰。

　　十五世纪末，葡萄牙的海外扩张达到高峰。殖民者经好望角，到达印度西海岸，进而向东亚扩展势力。明人沿用阿拉伯人对欧洲人的称谓，称他们为佛郎机国。一五一一年（正德六年）葡萄牙殖民者侵入满剌加（马六甲），赶走国王，阻断了中国与南洋各国的交往与贸易。《明史·满剌加传》记载说：满剌加“自为佛郎机所破，其风顿殊。商舶稀至，多直诣苏门答剌。然必取其国，率被邀劫，海路几断”。一五一六年葡萄牙马六甲总督佐治（Jorged′Alboquergue）派裴来斯特罗（RafaelPerestrello）来中国。第二年，葡萄牙又派皮来资（ThomasPirez）以国王名义充任大使和安特拉德（FernaoPerezd′Andrade）率舰队来到中国。皮来资和安特拉德所率领的葡萄牙舰队到屯门岛后，想进入广东，遭到中国地方政府的拒绝，葡萄牙舰队强行驶入内河，开往广州，沿途枪炮之声，震动城廓。皮来资到达广州后，便要求到京师去见明朝皇帝。明廷命广东地方官给予所进方物的价值，遣回。皮来资买通镇守太监，获准与通事火者亚三等进京。留在广东的葡萄牙殖民者却乘机进行抢掠活动，强占广东东莞县的屯门岛海澳。

　　葡萄牙殖民者所到之处，公然搬运硝磺刃铁，沿海乡村，都遭杀掠，并且筑室立寨，作久居之计。当明世宗嗣位后，得知葡萄牙已侵占满剌加并在中国沿海扰掠，斩火者亚三，敕责佛郎机出境。次年（一五二三年），葡萄牙又侵掠广东新会县，在西草湾被明指挥柯荣、百户王应恩率军击败。明军夺获得战船两艘及火炮等军械。

　　葡萄牙殖民者在广东被驱逐出境以后，转向浙江、福建沿海地区。一五四○年前后，勾结中国海盗李光头、许栋等，在宁波的双屿建立据点，进行走私贸易，在货尽将去之时，每每肆行劫掠。一五四八年，副都御史朱纨调遣都指挥卢镗、副使魏一恭等率兵进攻双屿，烧毁葡人所建的营房，筑塞港口。被赶出双屿的葡萄牙殖民者又转移到福建泉州府的浯屿（今金门），和原来在那里的海盗会合，继续进行走私贸易和海盗活动，不断骚扰漳、泉地区。一五四九年，朱纨和福建巡海道副使柯乔合兵进击浯屿，葡战舰逃向诏安县，朱纨和柯乔率军堵截于走马溪，葡人多被擒斩。海盗头目李光头等九十六人，也在这次战斗中被擒处死。葡萄牙殖民者在广东、浙江和福建沿海建立的据点，都被拔除。

　　明朝原在广州设市舶司，管理南海诸国的互市贸易。正德时，移至高州电白县。一五三五年，葡人重贿明指挥黄朝庆，得以在香山县所属壕镜澳（澳门）作为停船贸易的海澳，乘机混入澳门。一五五三年，葡人托言商船遇风暴，水浸贡物，请在澳门借地晒晾。明海道副使汪柏受贿，私自准许。起初还只是搭造茅棚停息，就船贸易。尔后逐渐建造居室扩充住地，到嘉靖末年，葡萄牙来澳门者已筑室千区。