忽必烈即位以后，“采取故老诸儒之言，考求前代之典，立朝廷而建官府”①。他沿袭宋、金的制度，建立一套比较完整的官僚机构。这套机构与其他各朝有相同之处，但也有其特殊设置。《元史·百官志一》载：

　　世祖即位，登用老成，大新制作，立朝仪，造都邑，遂命刘秉忠、许衡酌古今之宜，定内外之官。其总政务者曰中书省，秉兵柄者曰枢密院，司黜陟者曰御史台，体统既立，其次在内者，则有寺、有监、有卫、有府；在外者，则有行省、有行台、有宣慰司、有廉访司。其牧民者，则曰路、曰府、曰州、曰县。官有常职，位有常员，其长则蒙古人为之，而汉人、南人贰焉。于是一朝之制始备，百年之间，子孙有所凭藉矣。

　　自忽必烈建立这套官僚机构后，终元一代，未曾作太大的交易。这个机构的中枢权力主要掌握在中书省、枢密院、御史台三个部门手中。

　　中书省

　　元朝建立以前，蒙古大汗任用各族的文士为必阇赤，起草文书，并协助大汗和蒙古官员处理各地政务。管理中原事务的必阇赤耶律楚材等人，依照汉地的习惯，便以中书省的官衔称之。忽必烈建国后，正式建立中书省总理政务，中书省的最高长官为中书令，必以皇太子任之。《元史·百官志一》载：“中书令一员……世祖以太子兼之；至元十年（公元1273年），立皇太子，行中书令。大德十一年（公元1307年），以皇太子领中书令。延祐三年（公元1316年），复以皇太子行中书令”，元末陶宗仪在《南村辍耕录》卷22中说：“惟皇太子立，必兼中书令，枢密使”，均可作为中书令为皇太子兼职之明证。皇太子兼职仅虚领其衔而已，实权则归之右左丞相，《元史·百官志》载：“右丞相、左丞相各一员……统六官，率百司，居令之次，令缺，则总省事，佐天子，理万机”。蒙古人尚右，故丞相中以右丞相为尊。据《元史·仁宗纪三》载，延祐四年（公元1317年），仁宗任命合散为右丞相，“合散言：‘故事丞相必用蒙古勋臣，合散回回人，不厌人望’，遂恳辞；制以宣徽使伯答沙为中书右丞相，合散为左丞相”。这段记载，说明了右丞相为中书省的最高长官，也证实了中书省之长只限于蒙人为之。

　　右左丞相之下，有平章政事4人，从一品、掌机务、为丞相之副，凡军国重事，无不由其决之。其下又有右左丞各1员，正二品，辅佐宰相裁决庶务，号称左右辖；参政2员，从二品，佐宰相以参大政，其职位次于右左丞。这些设置与金之尚书省制略同。与汉制明显不同的是右居上，左居下。此外，还有参议中书省事，秩正四品，典左右司文牍，凡军国重事可参预裁决。左右司郎中的设置则与汉制同，左居上，右居下。

　　元世祖至元七年（公元1270年）定制，在中书省之下设吏、户、礼、兵、刑、工六部，并于各部设尚书3员，正三品，侍郎2员，正四品，郎中2员，从五品，员外郎2员，从六品，分理政务。其中吏、户、礼、刑、工五部之职掌略如宋、金，唯有兵部所掌特异前代，《元史·百官志一》说：“兵部……掌天下郡邑邮驿屯牧之政令。凡城池废置之故，山川险易之图，兵站屯田之籍，远方归化之人，官私刍牧之地，駞马、牛羊、鹰隼、羽毛、皮革之徵，驿乘、邮运、祗应、公廨、皂隶之制，悉以任之”。可见兵部所掌皆为政务，而元代之军务则统归枢密院掌之。

　　枢密院

　　蒙古建国之初，由大汗及宗王各自统率军兵，怯薛协助处理军务，并无专设总领全军的机构。元朝建立之后，沿宋、金旧制，于中统四年（公元1263年）五月，设枢密院，专掌军务。《元史·百官志二》载：“枢密院，秩从一品，掌天下兵甲机密之务……世祖中统四年，置枢密副使二员，佥书枢密事一员”，《百官志》没有枢密院使官名的记载，有人怀疑元代无枢密院使这一官称，其实不然，《元典章》卷7“职官条”就明举枢密使之名。《元史·世祖纪》：“（至元二十三年），铨定省，院，台，部官……枢密院除枢密院使外，同知枢密院事一员”。同书《董文忠传》：“（至元）十六年（公元1279年）十月，奏曰：陛下始以燕王为中书令、枢密使”。《南村辍耕录》也有“皇太子立，必兼中书令枢密使”之言。从这些记载可知元代确有枢密院使其官。但这一职务不授于一般大臣，倒由皇太子领其虚衔。《元史·世祖纪》：“中统四年五月乙酉，初立枢密院，以皇子燕王守中书令兼判枢密院事”。同书《裕宗传》：“至元十年（公元1273年）二月，立为皇太子，仍兼中书令，判枢密院事”。所谓“判枢密院事”就是兼枢密院使之意。可见皇太子也领枢密院使之虚衔，而握实权者，则是同知枢密院事、枢密院副使等官。

　　元代制度，管军政及武器的官吏专由蒙古人任之。色目人已极少，而汉人、南人更是绝不担任。《黑鞑事略》徐《疏》说：“若行军用师等大事，祗鞑主自断：又却与其亲骨肉谋之，汉儿及他人不与也”。《元史·兵志序》也说：“以兵籍系军机重务，汉人不阅其数，虽枢密近臣，职专军旅者，惟长官一二人知之。”所以，有元一代，没有一个汉人知机密院事。仅在元初（即至元元年至四年）赵壁与史天泽两人任过短期的枢密院副官，这是由于世祖初年为了利用汉人之力以征服汉人的需要而任之。

　　枢密院建置之初，以皇子真金为院使，其下仅置副使2人，佥书枢密事1人。至元七年（公元1270年），在副使之上置同知枢密院事1人，佥书枢密院事之下，置院判1人，机构渐趋完备。至元二十三年（公元1286年），增置佥书枢密院事1人。次年，在同知枢密院事之上置知枢密院事1人，为该院之首官。此后，员额虽有增减，但设官则无变化。

　　元代的枢密院还有一些制度特异于前代的：即自置院之初，四宿卫（即四怯薛）即各派代表一人参预院议，四宿卫是皇帝身边的护卫，因其承担职务的重要，故参预枢密院议事，这是可以理解的。至元二十八年（公元1291年）以后中书省也派平章政事2人参决院事，其用意就不甚清楚了。《百官志》称参预院议之平章为议事平章。这种制度至武宗至大三年（公元1300年）废止。

　　御史台（行御史台）

　　忽必烈召见由廉希宪推荐的汉人张雄飞，当议论到任职者多非其材，政事废弛时，张雄飞建策设立御史台“为天子耳目”。同时，西夏儒者高智耀也向忽必烈建议，仿效前代，置御史台。忽必烈接受他们的建议，于至元五年（公元1268年）七月，初立御史台。以中书省右丞相塔察儿为御史大夫。御史大夫以下，设御史中丞，侍御史，治书侍御史。御史台的长官，照例也是专用蒙古人《元史·太平传》载：“（至正）六年（公元1346年）拜御史大夫。故事台端非国姓不以授，太平固辞，因特赐姓而改其名”。太平非蒙古族，顺帝任命他为御史大夫，还得“赐姓而改其名”才行，可见非蒙古人不可任其职。

　　御史台设立时，忽必烈诏谕说：“台官职在直言，朕或有未当，其极言无隐”。御史台不仅“纠察百官善恶”，也有指陈“政治得失”的职责。忽必烈敕令中书省、枢密院，凡事要与御史台官员同奏，这与宋制略有不同。御史台建立后不久，曾奏言：数月间“追理侵欺粮粟近二十万石”。可见，捡括、料理财赋也是御史台的重要责任。

　　御史台之下设殿中司和察院，殿中司由殿中侍御史统领，主管纠察朝廷百官。察院设监察御史若干人，“司耳目之寄，任刺举之事”。

　　御史台称内台（又称为中台），另设“行御史台”，置官品秩同于内台，称为外台。至元十四年（公元1277年），始置于扬州，称江南行御史台。二十一年（公元1284年）闰五月迁於杭州，二十二年（公元1285年）二月又徙於江州，同年五月，再徙杭州。二十三年（公元1286年）四月徙建康，二十六年（公元1289年）五月复徙扬州。至元二十七年（公元1290年），置云南诸路行御史台，至此始有二行台。大德元年（公元1297年），移云南行台於京兆，称陕西行台，而云南改立廉访司。

　　元建国初，曾立提刑按察司四道（即山东东西道，河东陕西道，山北东西道，河北河南道），分隶於御史台、行御史台，掌管监督纠劾地方官吏之不法行为，兼劝农事。至元二十八年（公元1291年）二月改称肃政廉访司，后来增至二十二道：内道八，隶御史台；江南十道，隶江南行台；陕西四道，隶陕西行台。御史台的组织系统如下表：

　　察院监察御史28员

　　制国用使司与尚书省

　　元朝制度，以中书省为最高行政机构，但是又置尚书省，与中书省并立。尚书、中书、门下三省并立虽然是沿袭前朝旧制，但元代的中书、尚书二省的职掌则不同于前代。

　　宋朝制度，财赋官与行政官分立。元朝的财赋官与行政官则时合时分。中间经过多次变动，中统三年（公元1262年），在中书省之外，另设领中书左右部，总管财赋，由阿合马统领。中统五年（公元1264年）罢废领中书左右部，并入中书省，阿合马为平章尚书省事。至元三年（公元1266年），又立制国用使司，管理财富，阿合马为制国用使。至元七年（公元1270年）罢制国用使司，立尚书省，这段史实，《元史·世祖纪》记载甚详，兹引如下：

　　至元七年春正月，立尚书省，罢制国用使司，以平章政事忽都答儿为中书左丞相，国子祭酒许衡为中书左丞，制国用使阿合马平章尚书省事，同知制国用使司事张易同平章尚书省事，制国用使司副使张惠、佥制国用使司事李尧咨、麦术丁並参知尚书省事……。二月甲申，置尚书省署。

　　从这段记载可知，尚书省只置平章政事、同平章政事、参知政事等官，而无左右丞相。可见尚书省乃制国用使司罢废之后为代行其职而建立起来的官署：制国用使司为掌管财赋的机构，代行而置的尚书省，自然也是掌管财赋的官署。尚书省在有元一代时置时废，与中书并立前后共三次，其变动情况大致如下：

　　当阿合马领中书左右部，总理财政事务时，凡事不关白中书省而直奏皇帝，独揽财权，中书省诸官无可奈何。不久，阿合马又设制国用使司，自任该司之长官，成为一个相对独立的财政机构，以便于更自由行权。但是，这个机构的地位毕竟是在中书省之下，行动尚诸多不便。所以，就在至元七年（公元1270年）升制国用使司为一省，名为尚书省，想以此脱离中书省的控制而独立。在两省并立之后，世祖定制：“凡铨选名官，吏部拟定资品，呈尚书省，由尚书咨中书闻奏”。这个规定虽然把权力的重心移到尚书省，但是仍不能排脱中书省的制约。当时阿合马任平章尚书省事之职，以一省长官自居而渺视中书省，选官任人，既不经吏部也不咨中书。中书右丞相安童多次在世祖面前责备他。但阿合马固争不已，安童只好让步。於是，中书之权完全移到尚书省了。至元九年（公元1272年），世祖发现中书、尚书并立，弊端百出，便合两省为一，废尚书省，恢复中书一省之旧制。以阿合马与张易为中书平章政事，以张惠为左丞，李尧咨、麦术丁为参知政事。这样一来，机构虽然复旧，但掌握实权的仍然是原尚书省的一帮官员。加以至元十三年（公元1276年）以后，不置右丞相，十五年（公元1278年）以后，左丞相也成虚位。事实上，阿合马成为中书省的长官，更加专横跋扈。因而至元十九年（公元1282年）便被杀掉。

　　至元二十四年（公元1287年），诸大臣中多主张恢复尚书省，世祖许之，就于是年闰二月再置尚书省，并改天下之行中书省为行尚书省，改中书六部为尚书六部。中书省仍存在，以安童为中书右丞相，平章政事以下设官如旧，但只占虚位，并无实际职掌。十月，任命尚书平章政事桑哥为尚书右丞相。桑哥刚愎自用，任右丞相以后，更加专断，至元二十八年（公元1291年）正月被罢，同年五月废尚书省，再次恢复中书省总揽政柄的旧制。

　　元武宗之世，因滥赐诸王大臣，大兴土木而造成财政贫乏，钞法紊乱。为救财政困难之计，便於至大二年（公元1309年）八月特立尚书省，以皇太子为尚书令，发行至大银钞，并铸造铜钱，但终未能挽救经济穷困之僵局。至大四年（公元1311年）武宗死，仁宗立，又再废尚书省。

　　总之，元代三次设立尚书省，与中书并立，皆因互相争权，弊害百出，终被废除，而恢复中书一省之旧制。

　　宣政院

　　忽必烈在汉地立国建都后，仍然十分注意保持和发展蒙古民族的语言和文化。中统元年（公元1260年）十二月，忽必烈封吐蕃萨迦的八思巴为“国师”，命八思巴率领一些吐蕃语言文学者重新创制蒙古文字。至元六年（公元1269年）二月，新字制成，由忽必烈正式颁行，并加八思巴为“帝师”、“大宝法王”，统领全国佛教。朝廷立总制院，管领佛教僧徒及吐蕃境内事务，仍以“帝师”八思巴统领之。《元史·百官志三》载：“至元二十五年（公元1288年），因唐制吐蕃来朝见於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二员，同知二员，副使二员，经历二员，都事四员，管勾一员，照磨一员”。院使由朝廷命官任领。吐蕃有事，另设分院往治。宣政院的官员，僧俗并用，是元朝设立的一个特殊机构。它既是管理全国佛教的事务机关，又是直接统领吐蕃的政务和军事。元明宗天历二年（公元1329年），罢功德使司归宣政院。设置院使10员，从一品，同知2员，正二品，副使2员，从二品。

　　此外，中枢机构中还有一些设置有异於前代，必须提及的：

　　元代特别重视宗教，对于佛寺大加保护，特设总管机构“大禧宗禋院”，有院使、副使等官。所属各大寺院设总管府（如“南镇国寺”，设龙禧总管府；大“护国仁王寺”，设会福总管府；“大承天护圣寺”，设龙祥总管府等）。此外还设有田赋提举司、营田提举司、财用所、民佃提领所、香户提举司、营缮司等。在这方面几乎政教不分，而以正式官署管理寺院事务也是前代所未有的。

　　历代掌管宫廷器用之制作多为少府监所属官署。而将作监则掌管公用之建筑。元代升将作监为将作院，专司宫廷器用及衣冠服饰之制作。其所辖各种工艺品的作场也是非常繁多的，依其种类分设三个总管府掌管：一、诸路金玉人匠总管府。所属有玉局提举司、金银器盒提举司、玛瑙提举司、金丝子局、■带斜皮局、瓘玉局、浮梁磁局、画局、装钉局、大小雕木局、温犀玳瑁局、漆纱冠冕局等。二、异样局总管府。所属有异样纹绣提举司、异样织染提举司、纱罗提举司等。三、大都等路民匠总管府。所属有备章总院、尚衣局、御衣局、织佛像提举司等。

　　关于宫廷的职事，专供皇后的有中政院，所属有中瑞司、内正司、正翊司等。专供太后的有徽政院；供应太子的有储政院。总之，元代的皇后、太后、太子诸王都可以有领地，有丁口，国官与宫官交错设置，政令分歧，是历史上所仅见的奇特现象。

　　元代所设各院，与传统比较接近的是：太常礼仪院、典瑞院、太史院、太医院（其所属有惠民局及医学提举司，是有关医疗事业与医学教育的）。

　　元末设置的奎章阁及艺文监，专掌书画鉴定及刊布图籍之事，也是前所未有的特设机构。

　　元代的驿站制度特别发达，因此而特设通政院以管理全国驿站之事，而於各路置脱脱禾孙一官以辨奸伪。

　　元代设官有以下几个特点：

　　第一，除最高机构外，一般中外军民官署皆在主官之外设一达鲁花赤，主要由蒙古人担任，特别是外官，自总管府以至府、州、县行政实权皆操在达鲁花赤之手。

　　第二，自仁宗始，开科取士，分蒙古人、色目人与汉人、南人为两榜。虽已稍变初期专用蒙古人担任要职的做法，但南榜进士最多做到御史台及六部尚书为止，最高职位仍限于蒙古族人。

　　第三，事务官及吏员比较充实，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有发言任事之权。这是由于蒙古高级官吏对情况不够熟悉，能力薄弱，不得不假手於这些低级职员。

　　第四，工艺技术官司之设置十分繁琐，这是由于元代手工业发达，有匠户组织的缘故。